Doel van de Dr. Saal van Zwanenbergstichting is wetenschappelijk onderzoek te bevorderen dat gericht is op de vervaardiging van nieuwe geneesmiddelen, of dat daaraan direct of indirect bijdraagt.
De stichting kent prijzen en subsidies toe aan wetenschappelijke onderzoekers die hun werk geheel of grotendeels in Nederland verrichten of hebben verricht, of die anderszins bijzondere banden met Nederland hebben.

Het bestuur van de stichting benoemt de jury die de aanvragen beoordeelt en de prijzen en subsidies toekent. De jury doet dat in volstrekte onafhankelijkheid. Zij bestaat uit ten minste drie personen van algemeen erkende reputatie en met belangrijke verdiensten voor de wetenschap, bij voorkeur hoogleraren.

Aanvragen voor wetenschappelijke activiteiten die vallen binnen de doelstelling van de stichting, worden door de jury beoordeeld of zij voor financiële ondersteuning in aanmerking komen. Voorts draagt de jury bij het bestuur de personen voor die naar haar inzicht de Zwanenberg-Organon Prijs verdienen.